消毒的方法很多，但常用且效果較好的方法有以下六種：
一、五氯硝基苯消毒法
每平方米苗圃地用75％五氯硝基苯4克、代森鋅5克，兩藥混合后，再與12公斤細土拌勻。播種時下墊上蓋。此法對防治由土壤傳播的炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病等有特效。
二、福爾馬林消毒法
每平方米苗圃地用福爾馬林50毫升加水10公斤均勻地噴灑在地表，然后用草袋或塑料薄膜蓋，悶10天左右揭掉覆蓋物，使氣體散發掉，過2天后便可播種扦插。對防治立枯病、褐斑病、角斑病、炭疽病等有良好的效果。
三、波爾多液消毒法
每平方米苗圃地用等量式（即：硫酸銅：石灰：水的比例為1：1：100）波爾多液2.5公斤，加賽力散10克噴灑土壤，待土壤稍干即可播種扦插。對防治黑斑病、斑點病、灰霉病、銹病、褐斑病、炭疽病等效果較明顯。
四、多菌靈消毒法
多菌靈能防治多種真菌病害，對子囊菌和半知菌引起的病害效果很明顯。土壤消毒用50％可濕性粉劑，每平方米施用1.5克，可防治根腐病、莖腐病、葉枯病、灰斑病等，也可按1：20的比例配制成毒土撒在苗床上，能有效地防治苗期病害。
五、硫酸亞鐵消毒法
用3％溶液處理土壤，每平方米用藥液0.5公斤，可防治針葉花木的苗枯病；桃、梅縮葉病。同時，還能兼治缺鐵花卉的黃化病。
六、代森銨消毒法
代森銨為有機硫殺菌劑，殺菌力強，能滲入植物體內，經植物體內分解后還有一定肥效。用50％水溶代森銨350倍液，每平方米苗圃土壤澆灌3公斤稀釋液，即可防治花卉的黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病，還能有效地防治球根類種球的多種病害。
