病原引起苗木猝倒病的原因有非侵染性和侵染性兩類。非侵染性病原主要由于圃地積水，覆蓋過厚，表土板結;或地表溫度過高灼傷根莖。侵染性病原主要是真菌中的鐮刀菌、絲核菌和腐莓菌，偶爾也有交鏈抱菌和多毛抱菌。 鐮刀菌很少產生有性世代。菌絲多隔無色，產生兩種分生抱子，一種是大型多隔鐮刀狀的分生袍子;另一種是小型單細胞的分生抱子。鐮刀菌種類很多，危害松、杉苗木主要是腐皮鐮抱和尖鐮抱。絲核菌危害松、杉苗木主要是立枯絲核菌。腐霉菌危害松、杉苗木主要有兩種腐莓菌:德巴利腐菌和瓜果腐霉。交鏈于包菌危害馬尾松苗木主要是綠色交鏈抱菌。 鐮刀菌、絲核菌、腐毒菌都有較強的腐生習性，平時能在土壤中的植物殘體上腐生。它們分別以厚垣抱子、絲核菌和卵于包子度過不良環境，一旦遇到合適的寄主和潮濕的環境，便侵染危害。腐霉菌和絲核菌的生長溫度為24-28'C，但溫度稍低時危害嚴重;鐮刀菌的 生長適溫為10-32'C，以土溫20 - 30'C時致病較多;交鏈子包菌在土 溫13- 22'C時危害嚴重。