小的容器苗可用噴灌，而較大的容器苗就需用滴灌，這樣有利于節約用水，又有利于植物的生長；同時，還需要有與之配套的水泵房，輸排水系統，保證植物的水分供應和過多水分的排出。
水質、灌溉方式和灌水量是容器栽培生產的重要因素．
1、水質
只有好的水質，才能培育出高質量的苗木。一般來說，中性或微酸的可溶性鹽含量低的水為佳，有利于植物的生長。水中不含病菌、藻類、雜草種子就更為理想。
2、灌溉方式
容器苗的灌溉方式主要有噴灌和滴灌，一般來說，灌木和株高低于2米的苗木多采用噴灌，而擺放較稀的大苗則以滴灌為主。國外苗圃業早已采用計算機自動控制滴灌，如現代化的歐美苗圃業．全自動控制滴灌技術不僅可以節約用水，滴灌均勻，還可以兼作施肥，省工省力，且施肥均勻，效果好．從長遠來看，減少的勞動力所節省的費用遠高于滴灌設備的投入．而且，自動控制噴灌的效果也優于人工噴灌，特別是容器栽培，自動滴灌的節水效果更為明顯．不論哪種灌溉方式，灌溉的最佳時間是早晨，這樣可減少病蟲害的發生．
由于容器苗木布置較稀疏，間距較大，水大部分進不了容器內，而噴灑在空地上，所以用噴灌會造成水、肥的浪費，同時噴灌會使地面太潮濕不利于田間操作。建議采用滴灌方式為宜。
基質的透水性，對滴灌的水量分布影響較大。如果透水性好，滴灌水垂直滲透速度遠大于橫向速度，這樣在容器中只有很小的面積能得到水，所以采用滴灌時一定要保證基質能保水，否則滴灌的水大部分都流到地面上。由于水滲透的原因，對于小容器，每個容器用一只滴頭，大的用2-4只滴頭。
采用滴灌時，灌水方式與傳統的人工灌水有所不同，一般采用少量多次的辦法。比如原來人工灌水一天灌一次10L水，滴灌則可以2次或3次，每次2-3L即可，灌水總量可以是人工灌水的50-70%。
3、灌水量
不同植物需水不同，應據此對苗木進行合理分區。需水量相同或相近的苗木分在同一區或組，在灌水時一定要確信每容器都能獲得大約等量的水。容器苗的用水量-般要大于地栽苗，灌溉的次數也隨著季節的不同而不同，灌水量和灌水次數依植物的需要而定。
由于噴灌的均勻度較差，很難做到每個容器得到等量的水，所以在種植對水份較敏感的品種時，最好選用滴灌方式。
三、施肥
苗木的生長速度與施肥關系密切。容器苗與地栽苗不同，吸收不到土壤中的肥料，主要靠人工施肥來補充營養，由此可見，施肥對容器栽培來說尤為重要。在北美，容器栽培基質生產廠家已按植物的需要在基質中加人了適當比例的肥料，可滿足植物生長初期的需要，因此，還需不斷地補充肥料。國外苗圃主要有兩種施肥力方式：一種是在容器苗的基質中施用適量的長效肥，適于綠化大苗的生產；另一種是把可溶性肥料按一定的比例溶于水中，結合滴灌直接施入，這種方式對于小苗和小灌木采用較為合理。
